魔法,作为现实中的一项技术,已经历了一个多世纪的发展。在国立魔法大学附设的第一高中——通称“魔法科高中”中,迎来了两位特殊的兄妹:司波达也和司波深雪。达也,作为一名魔法师,虽然天赋极为平庸,甚至被视为劣等生,但他却拥有着许多常人无法理解的秘密。而深雪,则是完美无瑕的优等生,不仅美丽聪慧,魔法天赋也达到了顶峰,几乎无可挑剔。 然而,这对看似普通的兄妹,却被卷入了一个又一个充满动荡与危险的事件中。政治团体“Blanche”的突然袭击,九校战中的香港国际犯罪组织“无头龙”介入,大亚联盟军对横滨的侵略,甚至是神秘魔物“寄生物”的出现,它们能够附身人类,改变其精神。与此同时,来自USNA的魔法师部队“STARS”总队长安吉·希利鄔斯的到来,也使得局势更加复杂。 经过一连串波澜壮阔的事件后,兄妹两人迎来了新的学年——他们的校园生活本应恢复平静,但世界并不允许他们过上普通的日子。新生樱井水波的加入,以及达也被调入新设立的魔法工学科《魔工科》,似乎预示着新一轮风暴的来临。而动荡的日子再次向他们逼近,未知的危机仍在酝酿……